در دوران امامت و ولایت خود ضمن اینکه از شرایط خوب فرهنگی برخوردار نبودند و در تدابیر شدید امنیتی و سیاسی حضور داشتند، اما در این مدت حدود ۱۱۰ شاگرد تربیت کردند که ۲۵۰ حدیث از آن حضرت نقل شده است.
دوران امامت
شهادت
خلفای عباسی دو بار محمد تقی(ع) را به بغداد احضار کردند. سفر اول در زمان مأمون چندان طولانی نبود. بار دوم، در ۲۸ محرم سال ۲۲۰ هجری قمری، به دستور معتصم وارد بغداد شد و در ذیالقعده یا ذی‌الحجه همان سال در بغداد به شهادت رسید. روز شهادت او در، در بیشتر منابع، آخر ذیالقعده است؛ [12] اما در برخی منابع پنجم یا ششم ذی الحجه نیز آمده است. پیکر او را در کنار جدش موسی بن جعفر(ع) در مقبره قریش در کاظمین به خاک سپردند. سن او را به هنگام شهادت ۲۵ سال گفته‌اند از این رو جوانترین امام شیعیان به هنگام شهادت بوده است.
برخی علت شهادت وی را سعایت ابن ابی‌داود (قاضی بغداد) در نزد معتصم عباسی دانسته‌اند. دلیل آن هم پذیرفته‌شدن نظر امام درباره قطع دست سارق بود که باعث شرمندگی ابن ابی‌دُواد و شماری از فقیهان و درباریان شده بود.
درباره چگونگی شهادت پیشوای نهم شیعیان اختلاف است؛ در برخی از منابع آمده است که معتصم به وسیله منشی یکی از وزیرانش او را مسموم کرد و به شهادت رساند. برخی معتقدند که معتصم به وسیله ام الفضل محمد بن علی را مسموم کرد. به گزارش مسعودی، معتصم و جعفر بن مأمون در اندیشه کشتن محمد بن علی(ع) بودند. چون جوادالأئمه از ام الفضل فرزندی نداشت، جعفر، ام الفضل (خواهرش) را تحریک کرد که محمد بن علی را مسموم کند. آن دو سمی را در انگور نهادند و امام از آن خورد. ام الفضل پس از آن که جوادالأئمه (ع) را مسموم کرد، پشیمان شد و می‌گریست اما امام او را نفرین کرد. درباره چگونگی شهادت او به دست ام الفضل سخنان دیگری نیز گفته شده است.
بر اساس روایتی دیگر، وقتی مردم با معتصم بیعت کردند. او به عبدالملک زیات والی مدینه نامه نوشت که محمد بن علی(ع) را همراه با ام الفضل روانه بغداد کند. وقتی امام جواد (ع) وارد بغداد شد، معتصم به ظاهر او را احترام می‌کرد و تحفه‌هایی برای او و امّ الفضل فرستاد. بر پایه این روایت، معتصم شربت پرتقالی به وسیله غلام خود به نام «اشناس» برای او فرستاد. اشناس به امام گفت: خلیفه، پیش از شما از این شربت به گروهی از بزرگان از جمله احمد بن ابی‌داود و سعید بن خضیب نوشانده و امر کرده که شما هم از آن بنوشید. امام فرمود:«آن را در شب می‌نوشم» اما اشناس اصرار می‌کرد که باید خنک نوشیده شود و یخ آن آب می‌شود سپس امام از آن نوشید و بر اثر آن به شهادت رسید.
شیخ مفید در شهادت جوادالأئمه (ع) تردید کرده و گفته است شهادت او برای من ثابت نشده است برخی از محققان شیعه با استناد به روایت «ما مِنَا الا مقتول شهید» و همچنین ذکر شواهدی که از شهادت امام جواد حکایت دارد، سخن شیخ مفید را رد کرده‌اند.
احادیث گوهربار از امام جواد (ع):
* سه خصلت جلب محبّت می‌کند: انصاف در معاشرت با مردم، همدردی در مشکلات آن‌ها، همراه و همدم شدن با معنویات.
* سه چیز از کار‌های نیکان است: انجام واجبات الهی، ترک و دوری از گناهان، مواظبت و رعایت مسائل و احکام دین.
* شرایط پذیرش توبه چهار چیز است: پشیمانی قلبی، استغفار با زبان، جبران کردن گناه نسبت به همان گناه حقّ الله و یا حقّ النّاس، تصمیم جدّی بر این که دیگر مرتکب آن گناه نشود.
* حقیقت ادب و تربیت عبارت است از: دارا بودن خصلت‌های خوب، خالی بودن از صفات زشت و ناپسند. انسان به وسیله ادب – در دنیا و آخرت – به کمالات اخلاقی می‌رسد و نیز با رعایت ادب نیل به بهشت می‌یابد.
* همانا بین دو سمت شهر طوس قطعه‌ای است که از بهشت گرفته شده است، هر که داخل آن شود و با معرفت زیارت کند، روز قیامت از آتش در امان خواهد بود.
* تواضع و فروتنی زینت‌بخش حسب و شرف، فصاحت زینت‌بخش کلام، عدالت زینت‌بخش ایمان و اعتقادات، وقار و ادب زینت‌بخش اعمال و عبادات و دقّت در ضبط و حفظ آن، زینت‌بخش نقل روایت و سخن است.
